Bei einem Angriff auf die USS Revelation kurz nach ihrer Trauung mit Steven McAllister wird Aaliyah schwer verletzt und liegt lange im Koma. Als sie wieder aufwacht sind die Schäden in ihrem Gehirn so groß, dass sie unter einer Amnesie leidet und weder ihren Mann noch ihre Adoptivtochter Zahira erkennt. Außerdem hat sie körperliche Einschränkungen in der rechten Seite.

Sie wird auf die Krankenstation der Trinity verlegt, um dort wieder zu Kräften zu kommen. Allmählich gelingt es ihr sich ins Leben zurückzukämpfen und übernimmt wieder leichte Tätigkeiten im Arboretum, wo sie schon vor ihrer Versetzung auf die Revelation zwei Jahre lang gearbeitet hat, gleichwohl ihr Schwerpunkt weniger in der Botanik als in der Mikrobiologie liegt.

Anfang 2398 kehrt sie auf die USS Revelation zurück.